Chegou ao FC Porto com 14 anos, João Pinto cumpriu ainda grande parte da sua formação nas Antas. Em 1981/82 integrou pela primeira vez a equipa sénior, mas só na época seguinte conquistou a titularidade no lado direito da defesa, sob o comando de José Maria Pedroto. Foi titular do FC Porto durante mais de uma década e nunca mais vestiu outra camisola, tendo envergado a braçadeira de capitão durante grande parte da sua carreira.
Em 1984 jogou a final da Taça das Taças, que o FC Porto perdeu frente à Juventus; três anos depois, já como capitão de equipa, levantou a Taça dos Clubes Campeões Europeus em Viena e ficou para a história por não ter largado a taça por um momento sequer desde que esta lhe foi entregue até recolher aos balneários. A Taça Intercontinental e a Supertaça Europeia da mesma época (1986/87) completam o seu palmarés internacional.
A nível interno, jogou 407 jogos e venceu mais de vinte títulos com o FC Porto, incluindo os três primeiros do histórico Penta (única altura em que um clube português foi campeão cinco vezes consecutivas). No final da época 1996/97, em que o FC Porto conquistou o primeiro tricampeonato da sua história, João Pinto decidiu terminar a carreira.
Carreira: FC Porto 1981-1997
Titulos:
1 Taça dos Clubes Campeões Europeus (1987)
1 Supertaça Europeia (1987)
1 Taça Intercontinental (1987)
9 Campeonatos Nacionais (1984/85, 1985/86, 1987/88, 1989/90, 1991/92, 1992/93, 1994/95, 1995/96, 1996/97)
4 Taças de Portugal (1983/84, 1987/88, 1990/91, 1993/94)
8 Supertaças Cândido de Oliveira (1983, 1984, 1986, 1990, 1991, 1993, 1994, 1996)
